Το 29ο Ατομικό Πρωτάθλημα Ελλάδας Γυναικών 2006 διεξήχθη από 25 Νοεμβρίου έως 3 Δεκεμβρίου 2006 στην αίθουσα της Ελληνικής Σκακιστικής Ομοσπονδίας, Λ. Συγγρού 25, Αθήνα, στο οποίο αγωνίστηκαν οι εξής 10 σκακίστριες:
Έλλη Σπερδόκλη, Βέρα Παπαδοπούλου, Ευανθία Μάκκα, Αλεξάνδρα Στείρη, Φωτεινή Παμπάλου, Ιουλία Μάκκα, Άννα-Μαρία Μπότσαρη, Δέσποινα Παυλογιάννη, Μαρίνα Μακροπούλου και Κατερίνα Φαχιρίδου.

Πρωταθλήτρια Ελλάδας για το 2006 αναδείχθηκε η Άννα Μαρία Μπότσαρη, η οποία ισοβάθμησε με την Κατερίνα Φαχιρίδου στην πρώτη θέση αλλά υπερίσχυσε λόγω καλύτερων κριτηρίων. Την τρίτη θέση κατέκτησε η Φωτεινή Παμπάλου συγκεντρώνοντας 5.5 βαθμούς και πετυχαίνοντας νόρμα WIM.